大多数明显的解剖学同源性在解剖学结构之间，所述解剖学结构被所讨论的物种主动使用，但是一些解剖学同源性涉及不再需要但也没有完全消失的结构。 退化器官或结构是在物种中发现的器官或结构，其未在其他物种中使用。 与普遍看法相反，退化器官和退化结构不一定无用或无功能。
残余并不意味着无用或无功能，因为很难证明任何特定结构是无功能的，如果不是不可能的话。 一些退化器官可能是无功能的，但科学家和生物学家并没有这么粗略地假设。 将器官或结构标记为“残留”所必需的只是在其他物种中使用或功能明确时具有同源性，但对于所讨论的物种而言，相同的用途或功能并非如此。 使用可能是奇怪的，或者可能还没有被识别。
骨盆鲸鱼
这种结构的一个例子是鲸鱼的骨盆。 所有四足动物（包括鲸鱼）都有骨盆骨。 在大多数动物中，骨盆骨需要能够移动下肢或后肢以进行运动。 在某些物种中，例如鲸鱼，这些肢体大部分都不存在 虽然它们的痕迹可能仍然存在。
尽管对它们缺乏任何需求，鲸鱼仍然有骨盆骨骼。 它们与其他动物的对应物相比非常小，但它们存在。 也许它们起到一些作用，例如帮助支持鲸鱼的生殖解剖学，但是有许多不同类型的结构更适合这样的任务。
问题是，为什么缺乏下肢并且不需要骨盆移动的鲸鱼骨盆骨与那些需要骨盆移动的生物同源？ 对蛇和无腿蜥蜴也存在类似的同源性。 再一次，唯一有意义的解释是这些生物是否从共同的祖先和所有其他四足动物进化而来。
人类附录
另一个常见的（经常被误解的）例子是附录。 在人类中，阑尾几乎没有明显的功能，尽管它现在似乎可以储存一些免疫细胞。 然而，许多其他物种中的类似器官确实具有明显的功能。 此外，人类阑尾在可能致命的恶劣感染的意义上可能是积极的不利的。
阑尾是一个退化器官，因为它不像其他动物的同源器官那样起作用，即使它可能在人体中起作用。 那么，问题就变成了，为什么人类有阑尾？ （或者为什么人类阑尾的功能不像其他动物的同源器官？）进化，我们都有共同祖先的想法，提供了一个有意义的答案。 神创论没有。
